Diferența principală: Biblia catolică conține originalul celor patruzeci și șase cărți ale Vechiului Testament (care include cele șapte cărți ale Apocrifei) și cele douăzeci și șapte cărți ale Noului Testament. Biblia protestantă include doar cele treizeci și nouă de cărți ale Vechiului Testament și cele douăzeci și șapte cărți ale Noului Testament.
O diferență majoră între bisericile catolice și protestante este credința lor față de Biblii. Catolicii văd Biblia ca având autoritate egală cu Biserica și tradiția, în vreme ce protestanții consideră Biblia drept autoritatea supremă pentru credință și practică.
Trebuie să rețineți că Biblia nu este doar o singură carte; este o colecție de cărți de la scrieri la evenimente istorice. Este o bibliotecă de povești despre viața lui Isus, apostolii și viețile lui după ce Isus a murit pe cruce. La sfârșitul secolului al IV-lea, aceste volume și povesti diferite au fost respectate într-un singur volum, care este în esență biblia modernă, după cum o știm. Biblia modernă este compusă din două părți: Vechiul Testament și Noul Testament.
Atât biblia catolică cât și cea protestantă includ Noul Testament în același format. Diferența apare în Vechiul Testament. Vechiul Testament inclus în Biblia protestantă a suferit o canonizare a doctrinelor sau a cărților. Canonizarea este un proces de selectare a cărților care ar trebui să rămână și să devină parte a Bibliei și care ar trebui excluse. Biblia protestantă include doar acele cărți care erau considerate cuvinte ale lui Dumnezeu. Cărțile și poveștile considerate a fi scrise de "om" au fost excluse. Acest proces de canonizare a durat multe secole.
Vechiul Testament din Biblia originală se baza pe o traducere greacă a Scripturii evreiești, numită Septuaginta. În jurul anului 100 d.Hr., rabinii evrei au revizuit Scriptura lor și au înființat un canon oficial al iudaismului care exclude unele porțiuni ale Septuagintei grecești.
Cărțile îndepărtate erau Tobit, Judith, 1 Macabei, 2 Macabe, înțelepciunea lui Solomon, Sirach și Baruc. Părți ale cărților existente au fost înlăturate, inclusiv Psalmul 151 (din Psalmi), părți din Cartea Estera, Susanna (din Daniel ca capitolul 13), și Bel și Dragonul (Daniel din capitolul 14).
Totuși, Biserica Romano-Catolică nu a urmat pașii protestanților și a continuat să-și bazeze Vechiul Testament pe Septuaginta. Deci, în principiu Biblia catolică conține în continuare cele patruzeci și șase de cărți originale ale Vechiului Testament (care include cele șapte cărți ale Apocrifei) și cele douăzeci și șapte cărți ale Noului Testament. Biblia protestantă, pe de altă parte, include acum cele treizeci și nouă de cărți ale Vechiului Testament și cele douăzeci și șapte cărți ale Noului Testament.